La cité du Machu Picchu a surement été bâtie pour l'empereur Pachacutec, considéré comme l'édificateur de l'Empire Inca au XVe siècle.
Cuzco est la capitale de cet empire et celui-ci est découpé en plusieurs provinces menées par un "fonctionnaire royal" qui rend compte à Pachacutec. Il met ainsi en place un Etat centralisé et détient le pouvoir principalement. Des routes sont construites pour permettre aux différentes provinces de communiquer.
Il est dit, dans ce contexte, que la ville de Machu Picchu fut une des habitations de Pachacutec. Elle devait être la preuve de la puissance de l'empereur. Plus de 1000 personnes y ont habités : cultivateurs, serviteurs, nobles....
Il ne faut pas croire que Machu Picchu est isolée même si son emplacement géographique porte à le croire. Depuis Cuzco, par le célèbre "Chemin de l'Inca" on y parvient.
En 1534, quand les conquistadores espagnols arrivent à Cuzco, le Machu Picchu n'est quasiment plus habité. Elle finit dans l'oublie pendant près de 3 siècles, recouverte par la végétation.
Puis, en 1911, l'Historien Hiram Birgman de l'Université de Yale en fit la redécouverte et permit au Machu Picchu de devenir célèbre.